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Inventaire et caractérisation des espèces de rongeurs sahélo-soudaniens (essentiellement grâce à l’analyse chromosomique)Contexte : La systématique des Rongeurs Muridés africains, et en particulier dans les genres de Rongeurs potentiellement nuisibles pour l’homme (agriculture et santé), est loin d’être fixée, comme le montre la mise en évidence récurrente dans ces genres (Mastomys, Arvicanthis, Taterillus et Gerbillus) d’espèces jusque là ignorées, en particulier dans la zone sahélo-soudanienne ouest-africaine. Ces découvertes, justifiant soit la réhabilitation de noms préalablement attribués mais tombés entre temps en synonymie, soit la description pure et simple d’espèces nouvelles pour la science, sont la plupart du temps liées à la mise en œuvre de techniques alternatives aux méthodes morphologiques et biométriques utilisées classiquement en systématique traditionnelle. Ces dernières deviennent en effet inopérantes pour distinguer des espèces dites « jumelles », ce qui correspond à la situation rencontrée dans la plupart des genres de Rongeurs concernés par cette étude.
Outil : La cytogénétique est en particulier apparue comme privilégiée pour mettre en évidence des différences entre populations par ailleurs semblables morphologiquement, permettant d’une part une caractérisation précise (la plupart du temps, 1 espèce = 1 caryotype) et d’autre part une évaluation directe du niveau d’isolement reproducteur à attendre entre des formes chromosomiquement différentes (et donc du statut taxonomique à accorder à ces formes) ; c’est donc elle qui a été utilisée en priorité et en majorité, par l’intermédiaire de la préparation du caryotype. L’analyse des données brutes (étalements d’extrait de moelle osseuse sur lames) en a été facilitée par l’acquisition (décembre 2000) d’un système d’analyse d’image entièrement dédié à l’analyse chromosomique.
Résultats :
- Importante collecte de matériel biologique, en particulier dans les
genres-cibles, avec couverture spatiale aussi complète que possible
(Mali et sous-région) à Constitution d’une collection
de référence de rongeurs du Mali (env. 1000 spécimens)
et d’une base de données sur les rongeurs sahélo-soudaniens
(env. 13000 individus).
- Caryotypage d’une majorité de ces spécimens à
Constitution d’une banque d’extraits de moëlle osseuse (env.
600 spécimens) pouvant être réutilisés à
tout moment, et d’une banque d’organes en alcool (env. 800 spécimens)
en vue d’analyses moléculaires (séquençage, micro-satellites…)
- Données nouvelles sur :
· la diversité spécifique dans le genre Taterillus (découverte
d’une nouvelle espèce au Mali, de deux nouvelles espèces
au Tchad/Niger)
· la diversité spécifique dans le genre Gerbillus (découverte
d’une nouvelle espèce au Mali)
· la distribution des espèces déjà connues des
genres Mastomys, Arvicanthis, Taterillus, Gerbillus (et d’autres) au
Mali et dans la sous-région
· le polymorphisme chromosomique à l’intérieur
de plusieurs espèces, posant le problème de l’éventuelle
polytypie chez certaines (G. nigeriae, M. erythroleucus)
Caryotype de Taterillus tranieri, nouvelle espèce (Dobigny et
al., 2003)
A terme, il est envisagé de produire des cartes aussi précises que possible de la distribution des espèces de rongeurs sahélo-soudaniens (au Mali et dans la sous-région), accompagnées de « cartes d’identités » spécifiques réunissant l’essentiel des connaissances acquises sur les espèces en question (critères d’identification, exigences écologiques, interactions avec l’homme…). Pour ce qui concerne plus particulièrement les espèces potentiellement nuisibles, ces données permettront d’identifier les zones et activités à risque (pullulations d’espèces occasionnant des dégâts à l’agriculture, contact entre l’homme et les espèces anthropophiles réservoirs et/ou vecteurs de maladies transmissibles…), ainsi que d’envisager des méthodes ciblées de lutte.
Prolongements – Perspectives : Parallèlement aux études systématiques réalisées à Bamako, les analyses phylogénétiques et les interprétations phylogéographiques dans les différents taxons concernés ont été poursuivies, d’une part en utilisant les caractères chromosomiques dans les analyses, d’autre part en alimentant en matériel biologique les études réalisées par des collaborateurs sur ces groupes à partir d’autres jeux de caractère (morphométriques et moléculaires en particulier). C’est le cas dans tous les groupes précités : Mastomys et l’ensemble du « groupe Praomys » (thèse MNHN d’E. Lecompte, coll. J.-F. Cosson, INRA), Arvicanthis (coll. V. Volobouev et J.-F. Ducroz, MNHN), Taterillus (thèse MNHN de G. Dobigny) et Gerbillus (coll. V. Volobouev), mais également dans d’autres genres comme Nannomys (coll. J. Britton-Davidian, CNRS-Univ. Montpellier), Lemniscomys et Tatera (coll. V. Volobouev).
Valorisation
" Le projet Global Biodiversity Information Facility (Système
Mondial d'Information sur la Biodiversité) a pour but de rendre librement
et universellement accessibles, par internet, les données relatives
à la biodiversité. Voir le site www.gbif.org
"Dans ce contexte, une base de donnée sur les rongeurs soudano-sahéliens est actuellement en cours de constitution et de digitalisation, en vue de sa publication sur internet. Cette base de données sera constituée à partie des informations détenues par le Museum National d'Histoire Naturelle (MNHN) et l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD). Les pays concernés sont la Mauritanie, le Sénégal, le Mali, le Burkina-Faso, le Niger et le Tchad. Ils définissent une région où la diversité spécifique des rongeurs est grande, et crée des problèmes variés en matière d’agriculture et de santé humaine.
"Les recherches récentes, notamment dans le domaine de la cytogénétique et de la biologie moléculaire ont significativement amélioré la taxonomie de ce groupe, et la désignation des espèces dans la future base incorporera tous ces progrès. Un grand effort sera consacré au géo-référencement des spécimens, grâce à la coopération de chercheurs vivant dans les pays considérés. Le produit final de ce projet sera de rendre disponible pour le public une information de grande qualité sur plusieurs milliers de spécimens de rongeurs, dont la plupart seront déposés dans les collections du MNHN à la fois sous forme classique (peaux, crânes, spécimens en fluide), mais aussi sous la forme d’organes conservés dans l’éthanol (pour les études moléculaires) et/ou d’échantillons d’extraits de moelle ou de cellules cryoconservées (pour les études cytogénétique et autres utilisations biomoléculaires).
POUR EN SAVOIR PLUS
